Greetsiel liegt unmittelbar an der Leybucht, einer kleinen Bucht an der ostfriesischen Westküste. Große Teile der Bucht wurden nach und nach eingedeicht, sodass Greetsiel heute der einzige Hafenort an der Leybucht ist. Zu Greetsiel gehören auch der Nebenort Hauen und der auf einer Warft gelegene Wohnplatz Akkens, beide westlich von Greetsiel.

In den 1990er Jahren wurde das Leybuchthörn fertiggestellt. Dieses Bauwerk erstreckt sich als Landzunge in das Wattenmeer. Innerhalb des Leybuchthörns befinden sich ein Speicherbecken und die Zufahrt von der Nordsee zum Greetsieler Hafen. Zwischen Hafen und offenem Meer befindet sich eine Schleuse. Seit Fertigstellung des Bauwerks ist der Greetsieler Hafen tideunabhängig erreichbar.